La actividad de CEAFA viene definida por un Plan Estratégico aprobado en su día por la Junta de Gobierno y ratificado por la Asamblea General.
Dicho Plan establece los ámbitos prioritarios de intervención, que se articulan en torno a tres Ejes Estratégico fundamentales:
De este modo, toda la actividad de CEAFA, tanto la que se dirige hacia el interior, es decir, a reforzar la estructura confederal, como la que se orienta al exterior, más enfocada a llevar la voz de quienes sufren la enfermedad ante las Instituciones y la Sociedad, se establece sobre la base de esos Ejes.